Déforestation, Corona et chauves-souris : vers l'émergence d'une épidémie contagieuse

La pandémie de COVID-19 (familièrement décrite comme "pandémie de coronavirus", "crise de Corona") est une Évasion de la nouvelle Maladie respiratoire COVID-19 (ou "Covid-19", pour Maladie du virus de la couronne 2019). Dès janvier 2020, les premières contaminations hors de la République populaire de Chine ont été signalées, mais ce n'est que depuis le 11 mars 2020 que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) considère officiellement qu'il s'agit d'une pandémie (la première depuis la pandémie H1N1 2009/10).

"En 1997, alors que des nuages de fumée planaient au-dessus des forêts tropicales d'Indonésie parce qu'une zone de la taille de la Pennsylvanie avait été brûlée pour faire de la place à l'agriculture - les incendies ayant été aggravés par la sécheresse - les arbres étouffés par la brume ne pouvaient plus produire de fruits. Les chauves-souris locales n'ont donc pas trouvé d'autre solution pour se nourrir, elles ont dû s'envoler ailleurs, emportant avec elles une maladie mortelle", commence l'article de Katarina Zimmer, journaliste scientifique indépendante, publié le 22 novembre 2019 par National Geographic.

Zimmer écrit que des chauves-souris se sont ensuite cachées dans des orchidées de Malaisie. Les cochons sont soudainement tombés malades. Il est possible qu'ils aient mangé des fruits tombés et desséchés que les chauves-souris avaient grignotés auparavant. En 1999, 265 personnes ont été atteintes d'une dangereuse encéphalite, dont 105 ont succombé au virus Nipah.

Plusieurs chercheurs indiquent que le virus Nipah n'est qu'une des nombreuses maladies contagieuses provenant de ces régions où l'on déboise massivement depuis des décennies. Plusieurs études scientifiquement prouvées établissent un lien de causalité entre la déforestation et une cascade complexe d'événements qui finissent par propager des virus pathogènes dans tous les coins du monde.

Les piqûres de moustiques et les "multiplicateurs" créés par l'homme   

Dans une analyse complexe de données satellitaires et sanitaires publiée récemment dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, Erin Mordecai de l'Université MacDonald et de l'Université de Stanford a rapporté un impact significatif de la déforestation du bassin amazonien sur la transmission du paludisme - ceci en accord avec certaines études précédentes.

Bien qu'il s'agisse d'estimations, l'ampleur du phénomène est évidente : Entre 2003 et 2015, on enregistre une augmentation annuelle de 10 pour cent de la perte de forêts. Durant cette période, les cas de paludisme ont augmenté de 3 % par an. Par exemple, une année de l'étude, une parcelle supplémentaire de forêt défrichée de 618 kilomètres carrés (1 600 kilomètres carrés) - l'équivalent de près de 300 000 terrains de football - a été associée à 10 000 cas de paludisme supplémentaires.

Cet effet a été le plus prononcé à l'intérieur de la forêt. Ici, les surfaces forestières étaient encore intactes, les moustiques colonisant un habitat humide à leur périphérie.

"Comme les clairières à moustiques bordées d'arbres disparaissent, les contaminations pourraient augmenter dans les zones urbaines".

D'autres études, comme celle de l'épidémiologiste Amy Vittor de l'Emerging Pathogens Institute de l'Université de Floride, montrent que le moustique est une espèce en voie de disparition : Le long des lisières de forêt déboisées se forme un habitat idéal pour la reproduction du moustique Anopheles darlingi, le principal vecteur de la malaria en Amazonie.

Grâce à des recherches minutieuses en Amazonie péruvienne, Vittor a trouvé un nombre plus élevé de larves dans des mares chaudes, parfois ombragées, qui se formaient à côté de routes taillées dans la forêt et de décombres. "C'étaient des endroits où les Anopheles darlingi aimaient vraiment se retrouver", se souvient la chercheuse.

Compte tenu de la persistance des incendies en Amazonie en 2019, ces résultats ne laissaient rien présager de bon. Les données publiées en novembre 2019 montrent qu'en 2019, une surface douze fois plus grande que la ville de New York a été détruite en Amazonie. Cependant, dans de tels endroits fauchés, l'eau de pluie ne peut pas être régénérée par les arbres et les plantes.

Conclusion : les chauves-souris, vecteurs de la maladie du VCo ?   

Le travail publié en avril 2018 sous le titre "Bats, Coronavirus, and Deforestation : Toward the Emergence of Novel Infectious Diseases ?" (source : US National Library of Medicine / National Institutes of Health) de Aneta Afelt, Roger Frutos et Christian Devaux établit un lien clair entre les chauves-souris, la déforestation et les coronavirus. En raison de l'évolution de l'utilisation des sols, les populations de chauves-souris s'installent dans des zones plus proches des habitations humaines (Reuter et al., 2016).

Les chercheurs font toutefois une distinction entre l'homme et l'animal :

"Bien que du sang humain ait été trouvé dans l'alimentation de chauves-souris D. ecaudata au Brésil (Ito et al., 2016), ce qui indique que les chauves-souris peuvent se nourrir d'humains, il s'agit d'une exception. En outre, à l'exception peut-être du virus de la lyse des chauves-souris australiennes (ABLV) et du virus de Duvanhage, il n'existe aucun cas clair de transmission directe du virus des chauves-souris à l'homme (Tignor et al., 1977 ; Hanna et al., 2000 ; Paweska et al., 2006)".

Les experts pensent même que les chauves-souris sont plus utiles que beaucoup ne le pensent. Les chauves-souris aident par exemple à polliniser les arbres fruitiers (Whittnaker et al., 1992 ; Kelm et al., 2008) et elles contribueraient également à limiter les populations d'insectes (Leelapaibul et al., 2005 ; Kalka et al., 2008). Cependant, de nos jours, en Asie, près de 56 espèces de chauves-souris sont chassées et consommées par des populations à faible revenu (Mildenstein et al., 2016). Elles sont également utilisées dans la médecine traditionnelle (Walker, 2005 ; Ashwell et Walston, 2008) et dans les exploitations agricoles pour la production d'engrais à base de guano (Chhay, 2012 ; Thi et al., 2014).

Les analyses des chercheurs susmentionnés soulignent toutefois que plusieurs événements de transmission du CoV entre les chauves-souris, les civettes et les humains avaient déjà eu lieu avant l'épidémie de SRAS en 2002 (Zheng et al., 2004). Dans leur publication, on peut lire par exemple : "Le problème biologique de l'émergence du virus n'a pas fondamentalement changé, mais la probabilité d'occurrence du risque augmente en raison de la pollution et des changements environnementaux".

Anthropization et apparition de maladies

Sur Anthropization ou anthropisation (traduit de l'anglais), on entend en géographie et en écologie la transformation des espaces ouverts, des paysages et des environnements naturels par l'action humaine. L'érosion anthropique est le processus de dégradation du terrain et du sol par l'activité humaine.

Les zones rurales se caractérisent par une grande diversité de paysages, comprenant des maisons, des granges, des champs, des vergers et des forêts de différentes densités. Il est généralement admis que la déforestation et l'anthropisation peuvent entraîner la disparition d'espèces. Ce n'est toutefois pas toujours vrai lorsque de nouveaux environnements offrent un habitat acceptable à un grand nombre d'animaux et favorisent, par exemple, une plus grande diversité de chauves-souris.

En outre, les lumières des maisons attirent la nuit un grand nombre d'insectes, qui constituent des proies faciles pour les chauves-souris insectivores. Les maisons et les granges offrent des abris aux chauves-souris cavernicoles, tandis que les vergers et les champs attirent les chauves-souris frugivores. Cet effet attractif de l'environnement anthropisé sur des chauves-souris aux besoins biologiques différents entraîne une plus grande concentration et biodiversité de virus de chauves-souris (Han et al., 2015 ; Plowright et al., 2015 ; Reuter et al., 2016 ; Lacroix et al., 2017a,b ; Walsh et al., 2017 ; Afelt et al., 2018).

Cela augmente le risque de transmission de virus par contact direct, par des infections d'animaux domestiques ou par contamination par l'urine ou les excréments. En effet, les chauves-souris produisent également des virus à côté des habitations humaines (Plowright et al., 2015 ; Afelt et al., 2018). Parce que les CoVs (voir infobox "Nouvelle maladie à CoV des chauves-souris".) sont en premier lieu des agents pathogènes des maladies animales, le risque d'apparition de maladies existe aussi bien pour les maladies des animaux domestiques que pour les maladies humaines.

Les virus transmis par les animaux : un ennemi historique promis à un brillant avenir

Le nouveau coronavirus est appelé SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2). La maladie respiratoire provoquée par ce virus est appelée COVID-19 (Coronavirus disease 2019).

Des infections humaines majeures dues à des virus de chauve-souris ont été documentées récemment, bien qu'elles aient pu se produire plus tôt dans l'histoire. Les coronavirus (CoVs en abrégé) ont généralement été associés à des maladies animales, le bétail et les animaux domestiques jouant le rôle de vecteurs intermédiaires pour la transmission à l'homme.

Environ 4,4 pour cent des rats vendus sur trois marchés vivants dans la région du delta du Mékong au Vietnam et 22 pour cent des chauves-souris échantillonnées dans trois élevages de chauves-souris étaient porteurs du CoV, ce qui représente un niveau élevé de contamination animale (Berto et al., 2017). Avant l'apparition du SRAS-CoV et du MERS-CoV chez l'homme, les quatre CoV humains connus (HCoV-HKU1, HCoV-229E, HCoV-NL63 et HCoV-OC43) ont été signalés comme endémiques et responsables de maladies respiratoires légères à modérées pendant plus de trois décennies.

Il existe des preuves que les alpha-CoV de la chauve-souris Hipposideros caffer ruber ont des ancêtres communs avec le HCoV-229E humain (Pfefferle et al., 2009) et qu'un virus apparenté a infecté des alpagas capturés (Vicugna pacos), tandis qu'un autre virus apparenté a infecté des chameaux (Corman et al., 2016).

En outre, le HCoV-NL63, trouvé dans 9,3 pour cent des échantillons prélevés sur des personnes hospitalisées pour des maladies respiratoires, montre que le HCoV-NL63 n'est pas un virus. Il existe donc des similitudes de séquence entre le CoV ARCoV.2 de chauve-souris (Perimyotis subflavus) et les personnes infectées, tandis que le HCoV-NL63 peut se multiplier dans des lignées cellulaires provenant de poumons de chauve-souris tricolores (Huynh et al., 2012).

Le MERS-CoV est étroitement lié à la fois au CoV de chauve-souris HKU4 (chez les chauves-souris Tylonycteris) et au CoV de chauve-souris HKU5 (chez les chauves-souris Pipistrellus). Dans l'ensemble, ces données illustrent la dynamique complexe de la circulation des CoV entre les chauves-souris et les animaux sauvages ou domestiques (bœuf, porc) avant leur croisement avec l'homme.

Cependant, les chauves-souris ne sont pas nécessairement impliquées dans les infections primaires chez l'homme. Cependant, écrivent Aneta Afelt, Roger Frutos et Christian Devaux dans leur étude publiée en 2018 et intitulée "Bats, Coronavirus, and Deforestation : Toward the Emergence of Novel Infectious Diseases ?":

"Il en va autrement de l'apparition d'un nouvel agent pathogène au sein d'une population humaine immunologiquement active. Dans un tel cas, le risque de grandes épidémies associées à une mortalité élevée est très élevé. Une fois adaptés à l'homme, les CoV peuvent évoluer pour développer un mode de transmission intra-espèce plus efficace. Lors des épidémies de SRAS à Taiwan et à Toronto, certaines personnes ont été très efficaces dans la transmission du CoV du SRAS et ont été appelées "superspreaders" (McDonald et al., 2004).

Au total, 83,2 % des événements de transmission étaient épidémiologiquement liés à cinq "superspreaders", qui avaient tous une pneumonie diagnostiquée lors de la première consultation médicale.

Résumé (sur la propagation des coronavirus)

Comme l'impact croissant des activités humaines sur les écosystèmes ne va probablement pas s'atténuer, il est nécessaire de renforcer la surveillance des CoV chez la faune sauvage, le bétail, les animaux domestiques et les humains afin de mieux comprendre la dynamique de la transmission inter-espèces et d'améliorer l'évaluation des risques, l'alerte précoce et l'intervention (Devaux, 2012).

Malheureusement, le problème des virus transmis par les chauves-souris ne se limite pas aux CoV. Sur les 60 espèces virales qui seraient associées aux chauves-souris, 59 sont des virus à ARN qui pourraient potentiellement être responsables de l'apparition et de la réapparition de maladies infectieuses chez l'homme (Brook et Dobson, 2015).

Or, le risque d'apparition de maladies est-il directement lié à la distribution des espèces de chauves-souris ? Plusieurs exemples peuvent être trouvés dans d'autres familles de virus. Le virus Hendra a été détecté en 1994 après la mort de 30 chevaux et d'un homme à Hendra, en Australie. Le mode de contamination le plus probable par l'homme était les aérosols de chevaux malades, initialement contaminés par l'urine ou le liquide amniotique de chauves-souris Pteropus (Weatherman et al., 2017). Le virus Nipah est un autre exemple de l'effet combiné de la déforestation et de l'attraction des environnements anthropisés. Les chauves-souris Pteropus touchées par la déforestation se sont installées dans des étables, où elles ont transmis le virus aux porcs, qui ont à leur tour infecté les humains (Chadha et al., 2006).

"Il reste évident que le risque d'apparition de nouveaux virus est très élevé".

Anthony et ses collègues ont estimé qu'au moins 3 204 CoV circulent chez les chauves-souris en 2018 (Anthony et al., 2017). Quelle que soit la précision de cette prédiction, il reste évident que le risque d'émergence de nouveaux virus à partir des chauves-souris est probablement très élevé. Comme le continent asiatique - avec l'Amérique du Sud - est l'une des régions du monde où la croissance démographique est la plus forte et où le taux de déforestation est extrême, il remplit toutes les conditions - voir aussi les conditions sanitaires - pour devenir un lieu d'émergence ou de réémergence de maladies infectieuses.

Le concept "One Health" reconnaît que la santé humaine est liée à la santé animale et à l'environnement. Cependant, la population mondiale est confrontée à tant de problèmes en ce qui concerne l'augmentation de la population urbaine, la diminution des terres agricoles et l'urbanisation mal gérée en de nombreux endroits.

Boîte d'information :

Nouvelle maladie CoV des chauves-souris

Les coronavirus (CoV) ont été associés depuis longtemps à diverses maladies animales, par exemple les oiseaux présentent des infections à coronavirus, mais il existe aussi chez les bovins l'infection respiratoire (BRD-BCoV), la diarrhée des veaux, chez les porcs et les chiens le SDCV, le PEDV, le SECD, chez les félins, chez les animaux de la famille des félins les maladies intestinales ou la péritonite infectieuse (Saif, 2014).

Chez l'homme, il y a toujours eu des vagues de grippe et des rhumes ordinaires. Cependant, le SRAS est apparu en Chine en 2002 et s'est propagé de manière exponentielle dans 29 autres pays, avec un taux de mortalité de 10 %. Plus récemment, l'épidémie de MERS-CoV en Arabie saoudite en 2012 a affiché un taux de mortalité de 38 pour cent. La survenue de ces deux événements impliquant des CoV hautement pathogènes met en lumière la menace que représentent les coronavirus pour l'homme.

Les chauves-souris hébergent de nombreux virus (Calisher et al., 2006), notamment les coronavirus, qui représentent 31 % de leur virome (Chen et al., 2014). En outre, les chauves-souris font preuve d'une résistance remarquable aux virus (Omatsu et al., 2007 ; Storm et al., 2018). Le risque d'apparition d'un nouveau type de maladie CoV des chauves-souris est donc prévisible. (mm)

Remarque :

Des chercheurs ont attiré l'attention sur les "superspreaders" il y a des années déjà  

Il sera certainement décisif d'accorder une attention particulière aux "superspreaders", qui transmettent très efficacement les CoV par exposition aux gouttelettes respiratoires, peut-on lire par exemple dans l'étude "Bats, Coronaviruses, and Deforestation : Toward the Emergence of Novel Infectious Diseases ?", publiée en avril 2018 dans la US National Library of Medicine / National Institutes of Health. Voici un passage de ce document :

"L'émergence d'une maladie est un processus aléatoire et il est donc impossible de prédire les scénarios et la dynamique des maladies infectieuses émergentes. L'effet attractif des environnements anthropisés sur les chauves-souris est un facteur de risque important pour l'apparition de maladies émergentes transmises par les chauves-souris, tant chez les humains que chez les animaux. Compte tenu de la proportion de CoV décrits chez les chauves-souris, soit 31%, le risque de maladies émergentes associées aux CoV devrait être sérieusement pris en compte à l'avenir".

Si la priorité est de découvrir des options thérapeutiques et des vaccins (Graham et al., 2013 ; Zumla et al., 2016), il est encore plus important de travailler à l'éducation et à la sensibilisation des personnes aux risques liés à l'environnement anthropisé.

Vers la liste de références

Les auteurs déclarent que la recherche a été menée en l'absence de toute relation commerciale ou financière qui pourrait être construite comme un conflit d'intérêt potentiel.

Copyright des textes publiés ci-dessus :

Michael Merz, Perspectives environnementales